Klinikos buvo įrengtos pagal pažangiausių medicinos technologijų reikalavimus: ligoninių palatos radiofikuotos, su šviesos signalizacija, langai perslenkamos sistemos, vėdinant apsaugantys nuo tiesioginio šalto oro patekimo. Statybos darbai truko iki 1939 m. liepos mėn. Klinikų plotas siekė apie 160 tūkst. kv. metrų. Lovų skaičius nuo planuotų 518 padidėjo iki 663. Visa Klinikų statyba kainavo 11 mln. litų, su įrengimais – apie 14 mln. litų. Pirmuoju Klinikų direktoriumi 1939 m. paskirtas VDU Teismo ir socialinės medicinos katedros vedėjas pulkininkas prof. Kazys Oželis. Klinikos eksploatuoti pradėtos 1940 m. liepos mėnesį.
1941 m. pradžioje Klinikose veikė 750 lovų stacionariniai skyriai. 1941-06-23–1944-07-29 Kauno universiteto klinikos paverstos Vokietijos kariuomenės ligonine, kuriai vadovavo prof. Kazys Oželis ir dr. Gileris. Vokiečių okupacijos metais karo ligonine paverstose Klinikose buvo gydoma iki 5000 sužeistųjų. Vokietijos kariuomenei pasitraukus iš Lietuvos Klinikos tapo Raudonosios armijos Karo ligonine Nr. 2386. Karo metais pastatai išliko nesugriauti, bet išgrobstytas turtas, šviesūs rūmai perdažyti maskuojančia spalva. Sovietų kariuomenė Klinikas paliko 1945 spalio 11 dieną.
Nuo 1964 m. buvo vykdomos naujos statybos, rekonstruoti seni pastatai. 1967 m. pastatytas Medicinos instituto mokomasis ir laboratorijų korpusas, 1972 m. – Akušerijos ir ginekologijos korpusas, 1974 m. – Akių ligų korpusas, 1977 m. – Kardiologijos korpusas, 1982 m. – Neurochirurgijos korpusas, 1988 m. – Endokrinologijos korpusas, 2007 m. – Kardiochirurgijos korpusas. Net dvejos įkurtuvės švęstos 2012 m., kai duris atvėrė naujas Vaikų ligų klinikos pastatas ir Radiologinės diagnostikos centras. 2014 m. po rekonstrukcijos atidarytas Onkologijos ir hematologijos korpusas, 2015 m. – didžiausias Baltijos šalyse Traumų ir skubios pagalbos centras.
Šiandien paminklosauginiu požiūriu Kauno klinikų statinių ansamblis yra vertingas nacionalinis objektas, visiškai išlikęs ir nepakeitęs savo pagrindinės funkcijos. 2005 balandžio 29 d. LR Kultūros ministro įsakymu „Dėl nekilnojamų kultūros vertybių pripažinimo saugomomis“ Kauno klinikų statinių kompleksas pripažintas saugoma nekilnojama kultūros vertybe. 2008 m. gegužės 7 d. LR Vyriausybės nutarimu Nr. 450 „Dėl kultūros paveldo objekto paskelbimo kultūros paminklu“ Kauno klinikų statinių kompleksas paskelbtas kultūros paminklu.