Gerinant vienos plačiausiai paplitusių plaučių ligų – plaučių vėžio – gydymą, Pulmonologijos klinikoje 2010 metais pirmą kartą Baltijos šalyse pradėti genetiniai plaučių vėžio tyrimai (endotelio augimo veiksnio receptoriaus (EGFR) mutacijos nustatymas tiek plaučių audinyje, tiek kraujo serume), vėliau ištyrimas papildytas anaplastinės limfomos kinazės (ALK) translokacijos tyrimu. Pagal šių tyrimų atsakymus parenkamas individualus gydymas taikinių terapijos vaistais, sergant nesmulkių ląstelių plaučių vėžiu.
2016 m. klinikoje pradėtas idiopatinės plaučių fibrozės gydymas priešfibrotiniais vaistais, efektyviai lėtinančiais šios ligos progresavimą. Klinikos sergančiųjų registras padeda vertinti ilgalaikį gydymo veiksmingumą ir saugumą.
Klinikiniame darbe daug dėmesio skiriama daugiadisciplininiam darbui. Visi krūtinės onkologijos, intersticinių plaučių ligų, sunkios astmos ligų atvejai reguliariai (kartą per savaitę) aptariami daugiadisciplinių konsiliumų metu. Kauno klinikos yra vienintelė vieta Lietuvoje, kur atliekamos plaučių bei plaučių-širdies komplekso transplantacijos, todėl aktyviai bendradarbiaujama su Širdies, krūtinės ir kraujagyslių chirurgijos klinika.
Optimizuojant retomis ligomis sergančių asmenų ištyrimą, užtikrinant nuolatinę specialistų priežiūrą, Pulmonologijos klinikoje įsteigti specializuoti retų ligų centrai: Plautinės hipertenzijos centras (vadovas prof. dr. S. Miliauskas), Suaugusiųjų cistinės fibrozės centras (vadovas prof. dr. K. Malakauskas), Sunkios astmos centras (vadovė doc. dr. K. Biekšienė).
Suaugusiųjų cistinės fibrozės centro gydytojai aktyviai bendradarbiauja su vaikų gydytojais pulmonologais, taip supaprastinant sergančiajam jį prižiūrinčių specialistų pasikeitimą. Detalūs genetiniai tyrimai, įskaitant ir genų sekvenavimą, o taip pat vienos naujausių chloridų koncentraciją prakaite nustatančių metodikų panaudojimas klinikinėje praktikoje įgalina greitą ir tikslų sergančiųjų ištyrimą. Prie veiksmingo sergančiųjų gydymo sėkmingai prisideda stipri fizinės medicinos ir reabilitacijos gydytojų, kineziterapeutų, dietologų komanda. Klinika įsigijusi kosulio stimuliatorių, skatinantį bronchų sekreto pasišalinimą iš kvėpavimo takų, kurio sąstovis dėl ligos patogenetinių mechanizmų gali ženkliai pabloginti sergančiojo būklę. Nuo 2010 m. Suaugusiųjų cistinės fibrozės centras dalyvauja Europos cistinės fibrozės draugijos Pacientų registre (angl. European Cystic Fibrosis Society Patient Registry).
Plautinės hipertenzijos centre ligoniai tiriami remiantis pasaulinėmis diagnostikos rekomendacijomis, pirminės plautinės hipertenzijos atveju skiriamas specifinis gydymas, vykdomas intensyvus sergančiųjų stebėjimas. Pacientų duomenys kaupiami, analizuojami ir apibendrinami vietos registre.
Sunkios astmos centro veikla užtikrina greitą sunkia astma sergančių pacientų patekimą pas specialistą, atliekami plataus spekto tyrimai (nuo plaučių funkcinių tyrimų iki sudėtingų radiologinių ir intervencinių tyrimų), siekiant patikslinti ligos sukeltus pažeidimus, atmesti kitas galimas sunkią ligos eigą imituojančias priežastis. Nuo 2017 m. pradėtas aktyvus sunkios astmos gydymas biologiniais vaistais, kurie parenkami išanalizavus sergančiojo ligos fenotipą, remiantis patvirtintais klinikiniais ir biologiniais žymenimis. Nuo 2018 m. Sunkios astmos centro vadovė doc. Dr. K. Biekšienė Europos respiratologų draugijos (ang. European Respiratory Society, ERS) finansuojamo tarptautinio projekto SHARP (angl. the Severe Heterogenous Asthma Research collaboration, Patient-centred Clinical Research Collaboration) Koordinacinio komiteto sprendimu patvirtinta nacionaline šio projekto lydere.
Dalyvavimas registruose ir panašaus profilio projektuose leidžia centrams keistis nuasmeninta sergančiųjų informacija ir taip gerinti retomis ligomis sergančių asmenų diagnostiką, gydymą bei stebėjimą, vystyti tarptautinį mokslininkų ir klinicistų bendradarbiavimą. Apibendrinta registro duomenų analizė suteikia galimybę sveikatos priežiūros specialistams, mokslininkams įžvelgti ir nustatyti naujas ligos vystymosi tendencijas, atpažinti efektyviausius gydymo būdus, sudaryti kliniškai pagrįstus naujus tyrimus, kuriais siekiama į gydymo praktiką įdiegti naujus, patogeneziškai veikiančius vaistus.
Klinika daug metų bendradarbiauja su Gento (Belgija), Groningeno (Nyderlandai), Amsterdamo universitetų mokslo centrais. Palaikomi glaudūs ryšiai su Vokietijos Manheimo universiteto ir Heidelbergo universiteto Krūtinės ląstos klinikos specialistais, kurie yra vieni iš pirmaujančių plaučių vėžio diagnostikos ir gydymo srityse.
Klinikos gydytojai specialistai aktyviai dalyvauja Lietuvos pulmonologų ir alergologų draugijos (LPAD) veikloje, kurios pirmininku yra išrinktas Pulmonologijos klinikos gydytojas prof. dr. K. Malakauskas. 2017 m. balandžio 5 d. LPAD pasirašė tarptautinės narystės sutartį su ERS, taip dar labiau praplečiant bendradarbiavimo su užsienio klinicistais ir mokslininkais galimybes. Nuo 2006 m. iki šiol leidžiamas žurnalas “Pulmonologija ir alergologija“, kuris nuo 2017 m. jau turi ir recenzuojamų straipsnių skiltį.